Madrasah Tsanawiyah adalah sekolah lanjutan tingkat pertama yang berciri khas ke-islaman dibawah bimbingan Departemen Agama, sedangkan MTs Ceper adalah sebuah sekolah agama yang berada di daerah Kecamatan Ceper. semula Mts ini di dirikan oleh P2A Kecamatan Ceper pada tanggal 6 Januari 1969 dengan surat piagam dari Dinas Pendidikan Agama Kabupaten Klaten nomor : 7/Tsn/B/V/1969 yang diketuai oleh Bapak Sunarno, BA., disamping kedudukan Beliau sebagai Penilik Pendidikan Agama Kabupaten Klaten. Ketika Bapak Sunarno BA. diangkat menjadi Kepala MTs Negeri Prambanan akhirnya kepemimpinan MTs Ceper dilanjutkan oleh Bapak Drs. Ali Muhson selama satu tahun (1975-1976). ketika Beliau diangkat sebagai Pegawai Kantor Urusan Agama Wonosari maka pada tahun itu juga kepemimpinan MTs Ceper dilanjutkan oleh Bapak Sudadi, BE. sebagai penggantinya. Tidak berapa lama kemudian Beliau ditugaskan dalam Program Pemerintah BUTSI untuk wilayah Sumatera Utara & Aceh sehingga pengelolaan MTs Ceper akhirnya dilanjutkan oleh Bapak M. Edris, BA. (1979-1990). Setelah itu, kepemimpinan Mts Ceper dilanjutkan oleh Bapak Drs. Mudatsir dari (1991-2000). karena pada tahun 2000 Bapak Drs. Mudatsir sakit dan kemudian meninggal dunia, maka yayasan menunjuk Bapak H. Sutomo sebagai Kepala MTs Ceper sampai dengan tahun 2006. Ketika sampai pada masa pensiun Beliau sebagai PNS maka MTs Ceper Klaten dilanjutkan oleh Bapak Drs. H.M. Nurqoni Iskandar sebagai pelaksana kepemimpinan sementara.
Perlu diketahui bahwa perjalanan MTs Ceper Klaten sebagai sekolah klasikal tidak begitu baik sesuai dengan harapan yang dicita-citakan karena P2A saat itu tidak berfungsi sebagaimana yayasan pendidikan, maka akhirnya MTs Ceper dikelola secara pribadi oleh Bapak H. Mahmudi Siddiq bersama dengan Bapak H. Husnun HS., baik berupa fisik maupun non fisik, sehingga dapat berjalan sebagaimana sekolah-sekolah yang lainnya.
Pada tahun 1979, Beliau berdua mendirikan Yayasan Roudlotush Sholihin berdasarkan badan hukum No. 10/31/06/1979 dengan tujuan untuk membina pendidikan dan sosial serta Dakwah Islamiyah. Pada tahun itu juga P2A ( saat itu dijabat oleh Bapak Muzammil ) mengadakan musyawarah yang tujuannya untuk tetap melestarikan Mts Ceper, sehingga akhirnya mereka bersepakat bahwa MTs Ceper baik pengelolaan, pembinaan maupun wewenangnya diserahkan kepada Yayasan Roudlotush Sholihin dengan Surat Keputusan No. K.19/I-B/VI/81 tertanggal 11 Januari 1981. Setelah itu, maka MTs Ceper resmi menjadi binaan Yayasan Roudlotush Sholihin.
